Gene Runner ابزاری حرفه ای برای بررسی و آنالیز ژن ها می باشد. برای کار با برنامه به فایل هایی با فرمت SEQ نیاز خواهید داشت که حاوی اطلاعات ژنتیکی مختلفی می باشد. شما می توانید آمینو اسید دلخواه خود را در برنامه انتخاب نمایید و بخش هایی که می خواهید از DNA بررسی کنید را انتخاب کنید و آنالیز های مختلفی بر روی آن انجام دهید. هم چنین امکان آنالیز تمامی آنزیم ها با نوع palindromic / non-palindromic وجود دارد. با وجود Sequencing and Hybridization Analysis می توانید برخی از بخش های DNA را پاک کنید یا آن ها را به منظور آنالیز کردن انتخاب نمایید. این برنامه برای دانشجو ها و همچنین اساتید بسیار مناسب می باشد و می توان از آن به منظور انجام عملیات تحقیقاتی نیز استفاده کرد. اگر آمینو اسید را انتخاب نکرده باشید، با ارور مواجه خواهید شد.